Läänest ja lõunast on Puhtulaid ümbritsetud Liivi lahe selle osaga, kust algab vähemate-suuremate saarte vahel Suur väin. Itta jääb Rame laht, mille üks lõugas – Vanaluubi laht – tungib laiu põhjarannikul sügavalt läände. Just Vanaluubi lahega on Puhtulaid varemalt olnud eraldatud Virtsu poolsaarest, kuna sellest lahest läänes asub väike Änniku (Annikese) laht, mida nüüdki veel ühendab Vanaluubi lahega jõetaoline sopp, "oja", mis siinses murrakus tähendab õieti salme või lahesoppi. Sellest ojast põiki üle on juba XIX sajandi keskel tehtud kõrge tamm sillaga. 1952. aastal asendati sild kivitammiga, mis oluliselt kahandas oja läbivoolu. Praegune kivitamm muudabki Puhtulaiu nüüd poolsaareks. Vahel harva, suurveega, eriti läänetormide ajal, on Puhtu ja Virtsu poolsaare vaheline ala vee all ning siis on Puhtu jälle saar, nagu ta on seda olnud sajandeid tagasi.
